La composición específica del plan de trabajo de cada estudiante durante su estancia en el Programa de Posgrado dependerá del grado al que el estudiante aspira (Maestro en Ciencias o Doctor en Ciencias), de la formación y madurez matemática constatada por el examen de admisión o por una entrevista realizada por la Comisión Académica, y de las propias inclinaciones científicas del estudiante. Para conseguir esta flexibilidad las asignaturas del programa se han organizado en cuatro grupos: Asignaturas Básicas (AB), Asignaturas Optativas (AO), Asignaturas de Investigación (AI) y Asignaturas Complementarias (AC).

Las Asignaturas Básicas tienen como objetivo, por una parte, ampliar y profundizar los conocimientos de licenciatura y, por otra parte, proporcionar bases para que los estudiantes incursionen con éxito en el estudio de las principales ramas de las matemáticas contemporáneas. El grupo de Asignaturas Optativas tiene como finalidad orientar a los estudiantes hacia áreas específicas de las matemáticas de interés actual. Las Asignaturas de Investigación tienen como fin proporcionar espacios para que los estudiantes desarrollen sus trabajos de investigación; de estas asignaturas el Seminario de Tesis es exclusiva para estudiantes que aspiran al grado de maestría, mientras que los Seminarios de Investigación son para aquellos que aspiran el grado de doctor. Por último, las Asignaturas Complementarias incluyen actividades que ayudan a desarrollar habilidades de comunicación oral y escrita mediante la presentación pública de avances de su trabajo de tesis o de investigación, con el objetivo de contribuir en la formación integral del estudiante. Este grupo la conforman las asignaturas Seminario de Exposición de Avance de Tesis de Maestría y Seminario de Exposición de Avance de Tesis de Doctorado.

Los estudiantes que ingresen al Programa de Posgrado para obtener el grado de Maestro en Ciencias Matemáticas deberán elaborar, conjuntamente con su tutor o director, un plan de trabajo eligiendo cuatro asignaturas o más del grupo de Asignaturas Básicas, y los créditos restantes del grupo de Asignaturas Optativas de acuerdo con sus inclinaciones científicas. Además, la Comisión Académica, dependiendo de los resultados del examen de admisión, indicará en su caso aquellas materias del grupo de Asignaturas Básicas que deban cursarse durante el primer semestre. El Seminario de Tesis debe cursarse durante el tercer o cuarto semestre. El Seminario de Exposición de Avance de Tesis se acreditará a partir del tercer semestre de haber iniciado sus estudios y en un plazo no mayor a 3 semestres para estudiantes de maestría, y en un plazo no mayor a 6 semestres para estudiantes de doctorado, conforme lo establece el Artículo 8 de los Lineamientos y Criterios para la Operación del Programa de Posgrado en Ciencias Matemáticas. Los alumnos del Programa de Posgrado en Ciencias Matemáticas podrán acreditar materias optativas en otros programas de posgrado afines a este.

Los aspirantes al grado de Doctor en Ciencias Matemáticas deberán aprobar cuatro Exámenes Generales de Conocimientos que consistirán en la evaluación de cuatro materias del grupo de Asignaturas Básicas, y cursar al menos dos materias del grupo de Asignaturas de Investigación. También podrán incluir en los planes de trabajo materias de los grupos de Asignaturas Básicas u Optativas.